Single-Cell ATAC-seq을 이용한 희귀 세포 클러스터의 크로마틴 접근성 프로파일링

Single-Cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (scATAC-seq)은 단일 세포 수준에서 크로마틴의 개방 정도, 즉 접근 가능한 영역을 측정하여 세포 유형 특이적인 유전자 발현 조절 정보를 얻는 첨단 기술이다.

핵심 실험 프로토콜

• 세포 라이세이트에서 Tn5 탑박스(Tn5 transposase)를 사용하여 열린 염색질 영역에 특이적으로 어댑터를 삽입한다.
• 이렇게 생성된 DNA 조각들을 차세대 염기서열 분석(NGS)을 통해 시퀀싱하며, 각 읽기(read)는 특정 세포에서 열려 있는 CpG 아일랜드 등의 위치를 나타낸다.

분석 및 해석

얻어진 데이터는 단일세포 분석 소프트웨어를 통해 처리되어, 각 세포의 크로마틴 접근성 패턴을 비교함으로써 알려지지 않은 희귀 세포 클러스터의 존재와 그들의 잠재적 기능을 식별할 수 있다. 이는 정밀의료 연구에서 매우 중요하다.